Berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman Republik Indonesia Nomor: M.04-PR.07.03 Tahun 1985 tentang Organisasi dan Tata Kerja Rumah Tahanan Negara dan Rumah Penyimpanan Benda Sitaan Negara, dalam BAB I Pasal 1 ayat 2, dijelaskan bahwa Rumah Tahanan Negara (Rutan) dipimpin oleh seorang Kepala. Kepala Rutan inilah yang menjadi tonggak organisasi Rutan dan membawahi bidang-bidang pelaksananya.
Selain itu, telah diatur pula Susunan Organisasi Rutan Kelas IIA pada BAB I Pasal 18, yakni sebagai berikut:
Rutan Kelas II (dua) A terdiri dari:
- Sub Seksi Pelayanan Tahanan;
- Sub Seksi Bimbingan Kegiatan;
- Sub Seksi Pengelolaan Rutan;
- Kesatuan Pengamanan Rutan;
- Petugas Tata Usaha.
Di Rutan Kelas IIA Yogyakarta, Kepala Rutan memegang peran pembina utama, baik itu pembinaan terhadap Warga Binaan Pemasyarakatan (WBP) maupun petugas Rutan.
Struktur organisasi di Rumah Tahanan Negara Kelas IIA Yogyakarta adalah sebagai berikut:
Tugas yang dimiliki oleh masing-masing sub seksi yang ada di Rutan sebagai berikut:
- Sub Seksi Pelayanan Tahanan mempunyai tugas melakukan pengadministrasian dan perawatan, mempersiapkan pemberian bantuan hukum dan penyuluhan bagi tahanan;
- Sub Seksi Bimbingan Kegiatan mempunyai tugas memberikan bimbingan kegiatan dan mempersiapkan bahan bacaan bagi tahanan;
- Sub Seksi Pengelolaan RUTAN mempunyai tugas melakukan pengurusan keuangan, perlengkapan, rumah tangga dan kepegawaian di lingkungan RUTAN;
- Kesatuan Pengamanan RUTAN mempunyai tugas memelihara keamanan dan ketertiban RUTAN;
- Petugas Tata Usaha mempunyai tugas melakukan urusan surat menyurat dan kearsipan.
(Keputusan Menteri Kehakiman Republik Indonesia Nomor: M.04-PR.07.03 Tahun 1985 BAB I Pasal 19)